Přízemí:

Archeologie Znojemska. Bohatý dokumentační materiál ke všem pravěkým kulturám dokládá dávné osídlení znojemského regionu. Významné jsou kamenné paleolitické nástroje, neolitická keramika, mezi níž vynikají doklady kultury s moravskou malovanou keramikou, i eneolitické kultury se šoůrovou keramikou a zvoncovitých pohárů. Dobu bronzovou reprezentují zejména depoty bronzových hřiven, šperky, zbraně, ale i nálezy z rozsáhlých nekropolí kultury popelnicových polí. Kovové nástroje a zemědělské nářadí charakterizují dobu železnou. Ojedinělé nálezy jsou z doby keltského osídlení. Snímky letecké archeologické prospekce, k  jejímž průkopníkům v bývalém československu znojemské muzeum patří, odhalují mj. linii římských vojenských pevností, zasahující na řece Dyji až k Hrušovanům n. J. Nemůže chybět ani velkomoravské období s významnou lokalitou Znojmo - Hradiště. Expozice připomíná významné archeology Jaroslava Palliardiho a Františka Vildomce i současný stav a metody výzkumu.

exponáty a historie Rotundy Panny Marie a sv. Kateřiny,
národní kulturní památka. Exponáty přibližují unikátní památku přemyslovského hradu a symbol naší státnosti. Podávají informace o historii stavby, restaurování maleb a různých metodách vědeckého výzkumu. Ve faximilii je prezentován výsek freskové výzdoby a nechybí ani kopie tzv. datačního nápisu, který objevil v roce 1949 restaurátor Fantišek Fišer, model rotundy s pohledem do jejího interiéru. Expozici doplouje videofilm s výkladem složité ikonografie maleb.

Doba Přemyslovců a Lucemburků seznamuje s podobou středověkého města a vývojem znojemského hradu. K nejvýznamnějším exponátům zde patří ražby znojemských mincí, faximile listiny krále Přemysla Otakara I., kterou v roce 1226 povýšil Znojmo na královské město a kopie nejcennějších sbírkových předmětů muzea vůbec, Madony Znojemské ze 30. let 14. století a tzv. Znojemské Libuše. Jinde nedostupné jsou iluminace rukopisu Cursus sanctae Mariae z doby počátků louckého kláštera, jehož originál se nachází v newyorské knihovně v USA.

Od Jiřího z Poděbrad po Jagellonce, je věnován době pozdní gotiky a renesance, která významně poznamenala Znojmo, jak mj. připomíná model radniční věže, stavěné od roku 1447 Mikulášem ze Sedlešovic. Jsou zde rovněž zastoupeny ukázky uměleckých děl z oblasti malířství, sochařství i uměleckého řemesla ve faksimiliích i originálech. Nejcennějšími exponáty jsou zde truhla na mešní roucha z počátku 16. století z Hnánic a tisky z tiskárny louckého kláštera z doby působení opata Freytaga z čepirohu. Expozici doplouje obrazový materiál, informující o vývoji renesanční architektury Znojma.

Deblínská kaple. Sakrální prostor půdorysně shodný s původní středověkou hradní kaplí slouží prezentaci umění znojemských chrámů. Vedle pozdně gotické Piety, barokních plastik světců a části Křížové cesty od neznámého malíře z jižní Moravy z poloviny 18. století, jsou zde vystaveny bohoslužebné předměty (monstrance, kalichy, relikviáře, roucha, funerální symboliky apod.) vysoké úrovně uměleckořemeslného zpracování.

Neklidná doba připomíná období třicetileté války portrétem Raduita de Souches, úspěšného obránce města Brna před švédskými vojsky a pozdějšího majitele panství Jevišovice u Znojma, i následnou rekatolizaci českých zemí, symbolizovanou portrétem znojemského jezuity Edera od Františka Kautského z roku 1735. Charakter doby dokreslují zbraně z třicetileté války a plán městského opevnění. Zajímavým exponátem je kožené pouzdro od monstrance svatomikulášského kostela, kterou museli znojemští měš?ané vydat v roce 1645 v rámci kontribuce švédům.

Doba řemesel. Exponáty dokumentují dovednost znojemských řemeslníků. Najdeme zde nástroje a výrobky bednářů, stolařů, pekařů a perníkářů, hrnčířů, kovářů, zámečníků, připomenuto je vinařství. řada exponátů se vztahuje k řemeslnickým cechům: cechovní paramenty, truhlice, poháry a pokladnice. Zajímavé jsou lékařské a lékárnické nástroje a potřeby. V části sálu je instalován nábytek, který charakterizuje životní styl doby baroka. Jedním z jeho typických projevů v  interiéru je obrazová paneláž. Mezi pozoruhodné obrazy paneláže zde patří Krajina v bouři rakouského malíře Antona Faistenbergera a Panna Maria s Ježíškem od Eliáše Hauptnera.